1.牡丹和芍药的茎不同，牡丹是木本植物，像树一样有真正的主干树枝，虽然比较薄，比较短，但冬天也会掉叶，树干不枯萎。而牡丹是草本植物，草本植物没有树干、枝条等。它像草一样直接生长，冬天在地上枯萎
2.牡丹和芍药有不同的叶形，牡丹的叶子是分叉的，一般分为三个叉子，像小孩的手掌，但牡丹的叶子是不分叉的，一片叶子是扁平的椭圆形，而且会比较尖。
3.花期不同，牡丹的花期早为四月中下旬到五月中旬，这段时间是牡丹花开争艳的时间，要比芍药稍微早一点。而芍药的花期多为五月上中旬到六月上旬，大概比牡丹的花期要晚一两周左右。

最主要的是一个是木本植物,一个是草本植物.

1、牡丹叶片宽大，叶互生，正面为绿色并略带黄色，无毛的背面有白粉，而芍药则近花处为单叶，叶片正反两面均为浓绿色，而且叶片较密。

2、牡丹的茎为木质，是多年生灌木，相通粗壮繁多，芍药茎为草质、属多年生宿根草本花卉。因此芍药又有“没骨花”之称（宿根花卉，多年生草本，当年秋未、冬初地上部份枯死，地下根茎第二年仍能重新长出新的植株，这种花称为“没骨花”）。

3、牡丹的花都是单朵顶生，花径约20cm左右，有的可达30cm，而芍药则是一朵或数朵顶生或腋生，花型较牡丹小，花较牡丹迟开约一个月，故有“谷雨之朝看牡丹，立夏之朝看芍药”之说